מחלקת הסליקה היא הגוף האחראי על סליקת העסקאות והפעולות המבוצעות על ידי חברי הבורסה במהלך יום המסחר. במסגרת זו אחראית במסלקת הבורסה על העברת ניירות הערך שנקנו במסחר מהמוכר לקונה, והעברת התמורה הכספית מהקונה למוכר.

בנוסף מופקדת מסלקת הבורסה על רישום תקין של יתרות ניירות הערך הרשומים למסחר ועל ביצוע תשלומים ואירועי חברה להם זכאים מחזיקי ניירות הערך.

לצד כל אלה מספקת מחלקת הסליקה לחברי הבורסה, באמצעות יחידת הסליקה הבינלאומית שירותי סליקה ומשמורת של ניירות ערך זרים, בשיתוף עם סיטיבנק.

תפקיד המחלקה הנו לפקח על הגינות פעולתם של כל חברי הבורסה ועל יציבותם הפיננסית של חברים שאינם בנקים. יציבות הבנקים היא באחריות המפקח על הבנקים בבנק ישראל.

המחלקה המשפטית אחראית לייעוץ המשפטי לכל מחלקות הבורסה.

המחלקה אחראית לתיקונים הנדרשים בתקנון הבורסה ובהנחיות על פיו ועל הקשר עם הרשויות המפקחות על פעילותה של הבורסה. המחלקה מרכזת את עבודת דירקטוריון הבורסה וממלאת את התפקידים של מזכיר החברה.

פעילות כל המחלקות נתמכת על ידי מחלקת מינהל.