דירקטוריון הבורסה מורכב מ-16 דירקטורים:

• חמישה דירקטורים – חיצונים (מקרב הציבור).
• דירקטור מבנק ישראל – מתמנה ע"י נגיד בנק ישראל.
• דירקטור ממשרד האוצר – מתמנה ע"י שר האוצר.
• שבעה נציגים של חברי הבורסה.
• יושב-ראש הדירקטוריון ומנכ"ל הבורסה, המקיימים תנאי כשירות לכהונת דירקטור חיצון.

בהנהלת הבורסה חברים המנכ"ל ומנהלי המחלקות בבורסה:

• מחלקת טכנולוגיות מידע ותפעול – פיתוח והפעלה של מערכות מסחר; סליקה; תקשורת; שליטה ובקרה.
• המחלקה הכלכלית – הנפקות (רישום למסחר); דיווחי החברות; מחקר; שיווק ודוברות.
• מחלקת המסחר והמסלקות – שיטות מסחר; מסלקת הבורסה; מסלקת מעו"ף; יחידת סליקה בינלאומית (גלקסי).
• מחלקת חברים ופיקוח – פיקוח ורישוי חברי הבורסה.
• המחלקה המשפטית – ייעוץ משפטי ומזכירות החברה.
• מחלקת המינהל – כספים; מינהל ומשק.
• משאבי אנוש  

לפירוט על תפקידי מחלקות הבורסה, לחץ כאן

הבורסה מכסה את ההוצאות הכרוכות בהפעלת המסחר, הסליקה ופעולותיה האחרות באמצעות גביית עמלות, בעיקר מחברי הבורסה (בעבור כל קנייה, מכירה או העברה של ניירות ערך) וכן ממגייסי ההון וממשתמשים אחרים בשירותיה.