ניתן לסווג קרנות נאמנות על פי מדיניות ההשקעה שלהן במוצרים השונים הנסחרים בבורסה (אג"ח צמודות, אג"ח לא צמודות, אג"ח ממשלתיות, מניות, אופציות, מזומנים ונכסים פיננסיים אחרים), על פי מדיניות חלוקת הרווחים (קרן צבירה, קרן המחלקת רווחים), על-פי אופי ההתאגדות (קרן פתוחה וקרן סגורה) ועל פי מעמד המיסוי (חייבת ופטורה).

קרן נאמנות צבירה אינה מחלקת את רווחיה לבעלי יחידות ההשתתפות כדיבידנד. הקרן צוברת את רווחיה ומשקיעה אותם מחדש בנכסים נוספים. קרן המחלקת רווחים אינה צוברת את רווחיה ומחלקת אותם כדיבידנד לבעלי יחידות ההשתתפות.

קרן פתוחה מציעה כל הזמן יחידות לציבור על פי תשקיף שפרסמה, מלבד בעת סגירה זמנית. קרן סגורה מציעה מספר מוגבל של יחידות, ומחיר יחידת השתתפות נקבע על פי הביקוש וההיצע לקרן.

החל מינואר 2006 נחלקו כל קרנות הנאמנות לשני  סוגים בהתאם לסיווג המס שלהן: חייבות או פטורות. הסיווג משפיע על המס שמשלמת קרן נאמנות ועל המס שמשלם המשקיע.

קרן נאמנות חייבת (ח) משלמת מס ישירות לשלטונות המס על פי שיעורי המס החלים על יחידים. כתוצאה מכך רווח ההון הנוצר בעת פדיון היחידה פטור ממס רווחי הון, וכך גם לגבי דיבידנד. קרן נאמנות פטורה (פ) אינה משלמת מס על הכנסותיה, ולכן רווחי הון ריאליים יחוייבו במס. הפסד הון שנוצר בפדיון קרן נאמנות חייבת לא מאפשר קיזוז עם רווחי הון בניירות ערך אחרים. הפסד הון שנוצר מפדיון יחידה בקרן פטורה ניתן לניצול כנגד מס על רווחי הון ממכירות של ניירות ערך סחירים ישראליים או מפדיון של יחידות בקרנות נאמנות פטורות.

בין השנים 2003-2005 היה סיווג מס נוסף עבור קרן נאמנות מעורבת (מ), אשר אינה משלמת מס על הכנסותיה, למעט על הכנסות מדיבידנד ועל רווח הון ריאלי, ריבית ודיבידנד מניירות ערך זרים. כחלק מהרפורמה במס החל מינואר 2006 בוטל הסיווג של "קרן מעורבת" וקרנות אלו הפכו לקרנות פטורות.