• מסלקת הבורסה – הוקמה בשנת 1966, וסולקת את כל העסקאות בניירות ערך שהתבצעו בבורסה ומחוצה לה. בנוסף מספקת המסלקה, שירותים הקשורים ביצירה ובפדיון של יחידות קרנות הנאמנות ומשמורת ניירות ערך בשיתוף עם החברות לרישומים.  כמו כן, מבצעת המסלקה תשלומי חברות: דיבידנד, ריבית, הטבה, מימוש המירים, מימוש זכויות וכו'. מסלקת הבורסה חברה ב-DTCC בארה"ב שהיא המסלקה הגדולה בעולם, ומספקת באמצעותה שירותי סליקה למניות דואליות.

• מסלקת מעו"ף – הוקמה בשנת 1993 עם השקת שוק הנגזרים בבורסה. מסלקה זו אחראית לסליקת האופציות והחוזים העתידיים הנסחרים בבורסה. 

מבחינה משפטית פועלות שתי המסלקות כחברות נפרדות מהבורסה, אולם מבחינה פונקציונלית הן פועלות כחלק בלתי נפרד ממנה – המסלקות מופעלות על ידי עובדי הבורסה, משתמשות בתשתית המחשוב של הבורסה והן ממוקמות פיזית בבניין הבורסה.

כמו כן, פועלת בבורסה יחידת סליקה בינלאומית, שהוקמה בשנת 2001 כחלק ממסלקת הבורסה, בשיתוף פעולה עם סיטיבנק מגדולי הבנקים בעולם. שיתוף הפעולה הוביל להקמת מערכת "גלקסי" (גלובל קסטודיאן ישראלי) למתן שירותי סליקה ומשמורת לניירות ערך זרים מסיטיבנק באמצעות המסלקה. סיטיבנק נמנה בין הבנקים הגדולים ביותר בעולם, עם פריסה ביותר מ-100 מדינות שונות בעולם, עם דירוג חוסן פיננסי ודירוג אשראי גבוה ביותר וכן עם ניסיון ומוניטין מהיוקרתיים ביותר בתחום. "גלקסי" מיועדת לחברי בורסה, הזוכים לטיפול מקצועי ומסור בשעות המותאמות לצרכיהם. המערכת משרתת את הפעילות הבינלאומית של החברים וכן מספקת פתרונות  ייחודיים בהתאם לבקשות של החברים.